La historia comienza hace mucho mucho tiempo, antes del combate final entre el bien y el mal. La Tierra vivía en un ciclo de crecimiento y destrucción. Sobre el planeta había dos almas. Estas almas eran llamadas Dios y Diablo. Dios se ocupaba de crear la vida, una vida capaz de crecer y cambiar. Era representado por la Luz. Diablo en cambio, se encargaba de destruir aquello que veía como innecesario. Creaba eras glaciares, sequís y destrucción y era representado por la Oscuridad.
Era el turno del Diablo para atacar al mundo y a su Dios. Para ello infesto el planeta de un letal virus. La humanidad no le podía hacer frente y la vida se iba consumiendo poco a poco. Un científico llamado Berruga, creó una vacuna para combatir dicho virus. Lo llamó Asmodeus y fue todo un éxito. La vacuna tenía un 80% de eficacia para hacer frente a la enfermedad. Berruga ganó el Premio Novel de la Paz por su creación... Pero la demanda era excesiva, la producción no era suficiente para toda la población. Casi el 90 % de los humanos fueron aniquilados. Dios tenía que actuar de alguna forma si quería evitar mas muertes. Para ello reunió un ejercito que haría frente, en lo que se volverí una última batalla, a la oscuridad. En el había un humano especial. El poder de ese individuo era tal, que podría hacer frente a un ser todopoderoso. La batalla comenzó y abarcaba todo el planeta. La superficie de la tierra se volvió roja a causa de erupciones de los volcanes, los fuegos y cenizas de los bosques. Nubes negras bloqueaban la luz del sol y el miedo cubrió todo el mundo. Parte de los humanos dado el caos e incertidumbre y por miedo a la muerte, se aliaron con el Diablo. Este ser oscuro, sabía que su victoria era difícil y por eso durante la lucha preparo a sus seguidores para su vuelta.
Dios y Diablo, Luz y Sombra, Bien y Mal. Los dos se encontraron al fin del mundo.
En el Polo Sur se desencadeno la batalla mas feroz. El combate era de tal magnitud que una gran explosión acabó con todo sobre la tierra. Los pocos sobrevivientes de aquel combate, hicieron un cementerio en memoria de aquellos valientes guerreros que lucharon por el bien de todos. Entre esos guerreros se encontraba el fabuloso hombre al que llamaron héroe legendario. La zona donde transcurrió el combate, se había convertido en un desierto rodeado por montañas.
Pero el mal no había sido vencido completamente. Dios consiguió encerrarle bajo la superficie, ya que no era posible la destrucción de esa alma. Los supervivientes sabían que algún día Gaia Oscura volvería a intentar apoderarse del mundo. Por ello, cogieron las armas del Héroe legendario y los sellaron en una caja junto a un ser que ayudaría al próximo héroe. Mas tarde esa caja sería llevada a un pueblo perdido entre los árboles de un bosque que estaría encantado para aumentar su protección. El planeta Tierra no pudo soportar la heridas creadas por la batalla y sus continentes se sumergieron bajo el basto océano. Las almas de estos continentes bajaron al lugar donde yacía Diablo.
A Gaia Oscura se le había presentado una oportunidad única para poder volver a la Tierra y hacerse con el poder. Trazo un plan que duro años y todavía mas años le costo prepararlo. Pero en el había algo no habitual en el comportamiento de este. Por primera vez, Diablo iba a crear. El núcleo de la tierra, la Piedra Gaia, desde aquel lugar era de un Azul Cristal precioso. Diablo decidió crear un pueblo a semejanza del pueblo donde se escondían las armas del héroe legendario. Uso parte de el para crear aldeanos que habitarían el pueblo y después de eso, crearía al individuo que sería su salvación. El era un joven huérfano que vivía con el Sabio, el hombre mas viejo del pueblo de Krysta. Ese anciano, en realidad era el propio Diablo, que tomo esa forma para poder hacer realidad su plan.
Este chaval tenía el mismo nombre y físico de aquel héroe legendario que se le enfrento tiempo atrás. La creación de esta persona a semejanza del otro, hizo que la balanza entre el bien y el mal se desalinease. Si la situación de aquel momento se comparase con las manecilla de un reloj, estas estarían marcando la hora 13. Una hora que no puede existir, no una hora que no deba existir.
El plan consistía en un principio, en hacer renacer los continentes que quedaron sumergidos. Las almas de estos, estaban situados a las afueras de Krysta. Usando al pueblo como cebo, el Sabio obligo a Ark a visitar esas torres. Cuando acabo su supuesto error, el Sabio le contó que no podía dejar la situación a medias. Tendría que salir a la superficie y hacer revivir a todos los seres del planeta si se quería solucionar todo.
Tras renacer a los humanos, el Sabio telepáticamente le comunica a Ark que debe despertar a un genio que lleva dormido mucho tiempo. Durante la travesía en busca de dicho genio, una habitante del pueblo donde se escondían las armas del héroe legendario mató al Rey Henry de Loira. Ark salvó a Cristobal Colón de la tortura de la Bruja de Hades. Pero no solo eso. Los amigos que Ark hizo, ayudaron al joven a destruir los planes de Wong.
Desgraciadamente para Gaia Oscura, Ark había acabado con sus mas leales servidores. Estos estaban preparando la vuelta de su amo y a la vez buscaban a toda costa las armas del héroe legendario para así evitar la aparición de un nuevo h%eacute;roe. Llego el momento de despertar al genio. No era otro que el propio Berruga. Se había congelado criogénicamente para poder aguantar hasta aquel día. El científico se había aliado con la oscuridad para preparar mas vacunas de Asmodeus. Estas vacunas permitían al ser humano ser inmortales. Con esta vacuna, la creación de nueva vida se detendría y no se podría evolucionar a mejor. En otras palabras, Dios no podría cumplir sus tareas y sería vencido.
Ark reúne 5 piedras lunares. Según cuenta la leyenda, aquel que alce las piedras al fin del mundo tendría el poder de construir un futuro. Pero Ark no se imaginaba lo que iba a ver. De la tumba del legendario héroe, se alzaba una silueta idéntica a él mismo. Le hablaba con la misma voz. El legendario héroe debía renacer. El Ark que allí se mostraba representaba al héroe de Luz mientras que el joven que alzó las piedras lunares, representaba al héroe Oscuro. Sus almas tenían que volver a ser uno y para ello tendrían que morir.
La joven que mato al Rey Henry, continuaba protegiendo el valioso tesoro cuando encontró un pequeño bebé. Su parecido a Ark era grande, por lo que decidió acogerlo y cuidarlo. En ese momento, la mejor amiga de Ark vino a la superficie para obedecer una orden, que era matar a ese bebé. El asombro que mostraron las dos chicas, idénticas entre ellas, inmovilizo a la que iba a asesinar al pequeño. El compañero que viajó hasta aquel momento no pudo esconder su procedencia y él mismo decide matar al bebé. Aquélla discusión dio tiempo suficiente a los seres de todo el planeta en ayudar a nacer al héroe legendario. La situación para Gaia Oscura se estaba poniendo en su contra. La amiga de Ark desapareció junto al sirviente del Diablo. Con rabia en sus ojos, el nuevo héroe recogió aquello que le pertenecía, aquel tesoro que se guardo durante años por los habitantes del pueblo y cuyo secreto guardaba Colón mientras buscaba al verdadero h%eacuteroe. Una vez mas, los amigos de Ark se unieron para ayudar a detener a Berruga, pero en el intento mueren algunos de sus amigos.
Todos los aliados de Gaia Oscura habían sido derrotados. A Ark solo le quedaba hacer una cosa, terminar aquello que empezó. Tenía que destruir a Gaia Oscura con sus propias manos. Al volver, termina de comprender la jugarreta del Diablo. El momento había llegado, el héroe legendario cuyo poder era inimaginable, lucharía contra un Dios.
Ark salií vencedor, pero parte de el era creación de Gaia Oscura. Con pena en su cuerpo, Ark recibe un mensaje de Dios, de Gaia de Luz. Antes de desvanecerse, le daría a Ark un ultimo deseo, un ultimo día en Krysta con su gente. La felicidad de Ark no tenía limite, pero ya era hora de acabar.
Ark soñó su ultimo sueño. El sueño trataba de que él se convertía en pájaro y veía al mundo crecer. Mientras volaba y veía el buen trabajo que hizo. El joven recordó un juramento que le hizo a la chica de aquel pueblo. Le juró que cuando todo acabaría, volverían a estar juntos. Ark llego en plena noche a aquel pueblo y toco la puerta...